شرح فصول أبقراط المهذب في الكحل المجرب: وهو كتاب موسوعي في الطب يشبه كتاب (الحاوي) لأبي بكر الرازي. كتاب موجز القانون أو الموجز في الطب: تناول كل أجزاء القانون فيما عدا التشريح ووظائف الأعضاء. المختار في الأغذية. شرح تشريح جالنيوس. المهذّب في الكحالة. لم تقتصر شهرة ابن النفيس على الطب، بل كان يُعدّ من كبار علماء عصره في الفقه، والفلسفة، والحديث، والتاريخ، واللغة وله كتبٌ في اللغة والنحو، بل كان ابن النحاس العالم اللغوي المعروف لا يرضى بكلام أحد في القاهرة في النحو إلا كلام ابن النفيس. وكان يقضي معظم وقته في التأليف والتصنيف والتعليم، حتى وصل إلى أعلى الدرجات في علم الطب، وأوفى بوعده الذي قطعه لوالده. من مؤلفاته في العلوم الأخرى: المختصر في علم أصول الحديث. الرسالة الكامليةفي السيرة المحمدية. رسالة فاضل بن ناطق: كتاب صغير عارض فيه كتاب حي بن يقظان لابن الطفيل. شرح لكتاب البشارات: في الفلسفة. شرح لكتاب الهداية: في الحكمة للشيخ الرئيس ابن سينا. وكتب شروحات في الفقه. والملاحظ أنّ غالب مؤلفات ابن النفيس في غير الطب ماهي إلا شروحاتِ لكتب من سبقه، أو رداً على كتبٍ أخرى. وفاة ابن النفيس توفيّ ابن النفيس في القاهرة وتحديدًا في المستشفى المنصوري الذي كان يعمل به كبيرًا للأطباء، ومرض قبل وفاته مرضًا شديدًا لعدة أيام، فحاول الأطباء علاجه باستخدام الخمر ولكنه رفض ذلك رفضًا شديدًا قائلاً جملة شهيرة (لا ألقى الله وفي جوفي شيءٌ من الخمر).
توفي وهو في الثمانين من عمره تقريبا، وكانت آخر وصاياه لطلابه أن يقوموا بالاهتمام بالعلم، فهو النبراس الذي ينير الطريق للبشرية. إنجازات ابن النفيس بالنظر إلى سيرة حياة ابن النفيس نجد أنه قد قام بتقديم العديد من الإسهامات في المجال الطبي، والتي لها فائدة عظيمة، لتطوير هذا العلم والنهوض به، ومن أبرز تلك الإسهامات: قام باكتشاف وشرح الدورة الدموية الصغرى في جسم الإنسان. ظل الاكتشاف الذي قدمه ابن النفيس مجهولًا لقرون طويلة. وضع الكثير من المؤلفات عن الأمراض المختلفة، ومنها أمراض العيون. قام بشرح العديد من المؤلفات التي قام بوضعها علماء سبقوه، ومنهم أبقراط، وحنين ابن إسحاق، وابن سينا. عمل بالمستشفى الناصري بمدينة القاهرة المصرية. لم تقتصر براعته على الطب فحسب، ولكنه كان من العلماء الذين برعوا بالإضافة إلى ذلك في اللغة والفقه والفلسفة والحديث مؤلفات ابن النفيس لم تقتصر المؤلفات التي قدمها ابن النفيس على المجالات الطبية، ولكن كانت له إسهامات متعددة في مجالات مختلفة، ومنها: الرسالة الكاملية في السيرة النبوية. كتاب فاضل بن ناطق، وهو من الكتب المعارضة لكتاب حي بن يقظان الذي وضعه ابن طفيل. ومن المؤلفات الطبية التي وضعها: كتاب المهذب في الكحالة، وهو كتاب يتخصص في طب العيوم.
- رسم تشريحاً دقيقاً للحنجرة، وجهاز التنفس والشرايين، وبيَّن وظائف كل واحدة منها. - اكتشف أنّ عضلات القلب تُغَذَّى من الأوعية الدموية المبثوثة في القلب، وليس من الدم الموجود في جوف القلب. ماهي أشهر مؤلفات ابن النفيس (الشامل في الصناعة الطبية). شرح تشريح القانون. شرح فصول أبقراط. المهذب في الكحل المجرب. كتاب موجز القانون أو الموجز في الطب. بالاضافة لشروحات لكتب غيره.
لكنّ هذهِ الفكرة جُوبِهَت بمعارضةٍ شديدةٍ من والده، لأن دراسةَ الطب كانت شيئاً جديداً على أهلِ حمص، فمجتمعُ حمص كان مجتمع فقهٍ ومجالس علم ، ومجالسهُ عامرة بالحديثِ واللغة، فأدهشهُم اختيارهُ للطب، لكنّ ابن النفيس متمسكاً برغبته، وقدّم وعداَ لوالدهِ أن يبلغَ مركزاً متقدماً في الطب، فوافقَ والدهُ على رغبتهِ، فسافرَ إلى دمشقٍ ليدرُسَ الطب هناك. طلب ابن النفيس للعلم ابن النفيس في دمشق كانت دمشقُ في تلكَ الفترة، تحتَ حُكم الأيوبيين، الذين كان يعنونَ بالعلم عامّة، وبالطبِ خاصة عنايةً كبيرة، وجعلوا من دمشق حاضرة للعلومِ والفنون، وكانت تضمُ فيما تضم مكتبةً عظيمة، تحوي نفائسَ الكتب، ومستشفاً عظيماً، أنشأهُ نور الدين محمود، واجتذبَ أمهرَ أطباءِ العصر، توافدوا عليهِ من كلّ مكان. وفي هذا المستشفى العتيد درسَ ابن النفيسِ الطبَ على يدِ ( مهذب الدين عبد الرحيم الدخوار) وهو أحدُ كباِر الأطباء في التاريخ الإسلامي ، وكان رئيساً للأطباء في عصره. ودرسَ على ( عمران الإسرائيلي) وكانَ طبيبًا فذًا، وصفه ( ابن أبي أُصيبعة) الذي زاملَ ابنَ النفيس في التلمذة والتدريبِ على يديه بقولِه: (وقد عالجَ أمراضاً كثيرة مُزمنة كان أصحابها قد سئموا الحياة، ويئس الأطباء من برئهم، فبرئوا على يديه بأدوية غريبة يصفها أو معالجات بديعة يعرفها).