ظهور أعراض جانبية تجاه الصبغة المُستخدمة؛ كالغثيان، والصّداع، والشعور بالألم أو الحرقة في موقع الحقِن، وفي حالاتٍ نادرة قد يُصاب الشخص بطفح جلديّ، أو حكّة في العيون. حدوث إصابة في جسم المُصاب الذي يحتوي على معدن داخل جسمه، حيث يتسبّب المجال المغناطيسي بتحريكها من مكانها. تلف وتعطّل الأجهزة المزروعة في الجسم؛ كأجهزة تنظيم ضربات القلب ، والمضخّات، والملاقط المستخدمة في تمدد الأوعية الدموية في الدماغ (بالإنجليزية: Brain Aneurysm)، لذلك يجب عدم استخدام أشعة الرنين المغناطيسي لأولئك الأشخاص. أرخص أماكن أشعة الرنين المغناطيسي بأقل الأسعار - حصريات. موانع استخدام أشعة الرنين المغناطيسي على الرغم من أمان أشعة الرنين المغناطيسي ، إلا أنَّه يُمنع استخدامه عند وجود أجهزة طبية معدنيّة في جسم المصاب، وفيما يأتي توضيح لذلك. [٣] موانع قطعية هناك بعض الحالات التي يُمنع فيها استخدام أشعة الرنين المغناطيسيّ بشكلٍ قطعي، وتتضمّن هذه الحالات ما يأتي: [٤] احتواء الجسم على جهاز تنظيم ضربات القلب. احتواء العين على أيّ جسم معدني غريب. ارتداء عدسات تريجر فيش (بالإنجايزية: Triggerfish) التي تُسجّل ضغط العين بشكلٍ متواصل. استخدام مضخات الإنسولين (بالإنجليزية: Insulin pump).
استخدام جهاز اللينكس (بالإنجليزية: LINX)، وهو جهاز مكوّن من سلسلة من خرز التيتانيوم الذي يحتوي على مجال مغناطيسي، بحيث يُوضع حول الجزء السّفلي من المريء للسّيطرة على أعراض الارتجاع المعدي المريئي. موانع نسبية تتضمّن الموانع النسبيّة لاستخدام أشعة الرنين المغناطيسي استخدام أحد الأجهزة التالية: [٥] القسطرة فوق الجافية (بالإنجليزية: Epidural catheters). استخدام أنبوب التغذية (بالإنجليزية: Feeding tubes). زراعة القوقعة (بالإنجليزية: Cochlear implants). صمّامات القلب الاصطناعية (بالإنجليزية: Prosthetic heart valves). مضخّات الأدوية المضادة للورم (بالإنجليزية: Antineoplastic agents) أو الأدوية الناركوتيّة (بالإنجليزيّة: Narcotics). قسطر فولي مع مستشعر حرارة. الجهاز المستخدم في توسيع أنسجة الثدي (بالإنجليزية: Breast Tissue Expanders). اشعة رنين مغناطيسي. فوائد أشعة الرنين المغناطيسي لا يتم فيها استخدام أي نوع من الإشعاعات المتأيّنة. تعطي سيرة واضحة وتشخيصاً دقيقاً للعديد من الأمراض التي تصيب الجسم، خصوصاً أمراض القلب والدماغ والحبل الشوكي والكبد. تعطي مدى واسعاً لانتشار الأمراض وتطورها في الجسم، خصوصاً أمراض السرطان، وتشوّهات العضلات، وأمراض المفاصل والعظام.
مقالات تحليل مركبات الدماغ العضوية بواسطة الرنين المغناطيسي الطيفي مثال لرنين مغناطيسي طيفي MRS لشخص سليم. مصدر الصورة: Case courtesy of Frank Gaillard,. From the case rID: 36022 مقدمة الرنين المغناطيسي الطيفي Magnetic Resonance Spectroscopy (عادة مايختصر هكذا MRS) هو طريقة آمنة لقياس وتحليل التغيرات الكيميائية في الدماغ (من الممكن إستخدامه لأعضاء أخرى لكن هذا الموضوع سيُركز على الدماغ)، أي أنه يمكنه قياس مكونات وتركيز التركيبات الكيميائية في الأنسجة والتعرف على ماهيتها والتفرقة بين الأنسجة السليمة والمرضية. غالباً ما يتم إستخدام هذه التقنية للتفريق بين الأمراض المتشابهة في الصور التشريحية. من الممكن إستخدام هذه الطريقة في المستشفيات لأعضاء أخرى غير المخ. على سبيل المثال يتم إستخدام MRS في حالة أمراض البروستاتا أو الكبد. لكن في الوقت الحالي أغلب إستخدامات MRS تكون في الأغراض البحثية رغم دخوله في المجال الإكلينيكي بشكل قوي ومفيد. في المستشفيات عادة مايتم اللجوء إليها لتشخيص علل الدماغ (وهو هدف هذه المقالة)، خاصة في حالات الأورام. ولربما المستقبل يكشف إستخدامات أخرى تكون موثوقة في دراسة مختلف الأعضاء في الجسم.